Povijest muzeja
Djelatnost ustanove usmjerena je na zaštitu kulturnih dobara prema Zakonu o muzejima i Zakonu o očuvanju kulturnih dobara.

Otok Hvar još je uvijek mjesto na kojemu se mogu odčitati vrijeme i prostor, ljudi i mjera prošlih, sporih i odmjerenih dana. Naslijeđe, bogati tragovi dugotrajne ljudske prisutnosti u urbanome i ruralnom graditeljstvu, struktura poljskih suhozida, gomila i prirodnog krajolika u povezanom su skladu, nedjeljivi. Otok je prepoznat kao mjesto za odmor, obnovu energije. Povijesni gradovi, tradicijska sela i mjestašca čija se posebnost vrednuje sve su važnija i dragocjenija, osobito u kontekstu kulturnog turizma, pa je i Hvar postupno zaštićen brojnim propisima. Turizam kao gospodarska djelatnost postaje temeljem za ostanak i opstanak žitelja, a Hvar se već gotovo 140 godina razvija na tim osnovama, ali i izgrađuje svoj turistički potencijal.
Nužnost zaštite otoka Hvara kao mjesta koje zbog svojih kulturnih, prirodnih i, osobito klimatskih obilježja ima izvanredne uvjete za turističku djelatnost uočena je odavno, ali se na tome sustavno radi od 1950-ih godina. Presudno je pritom bilo zalaganje dr. Nike Dubokovića Nadalinija, čijim je nastojanjem 1950. g. Općina Hvar osnovala Historijski arhiv, radi organiziranog obavljanja kulturnih djelatnosti na otoku Hvaru. Koristeći se iskustvima stečenim radom u Zadarskom arhivu, dr. Duboković se najprije zauzeo za skupljanje i spašavanje arhivske građe, zanemarene i prilično upropaštene, osobito tijekom i neposredno nakon Drugoga svjetskog rata. Svoj otok dr. Duboković doživljavao je kao cjeloviti muzej na otvorenome, shvaćajući neodvojivost njegovih prirodnih i kulturnopovijesnih vrijednosti. Uviđajući potrebu zaštite kulturnih i prirodnih dobara, ustanova Historijski arhiv proširivala je djelatnost od prvobitne arhivske prema organiziranju zaštite spomenika, stvaranju svojevrsne mreže povjerenika, osnivanjem muzejskih zbirki, stručne knjižnice i raznovrsne dokumentacije. Pokretanjem časopisa Prilozi povijesti otoka Hvara hvarska je kulturna povijest postala dostupnija velikom broju zainteresiranih čitatelja, a Periodičnim izvještajima javnost je detaljno izvještavana o djelovanju ustanove.
Suočavajući se od samog osnutka s administrativnim ograničenjima, a to se ponajprije odnosi na usklađivanje rada sa zakonima koji nisu prilagođeni otočkim uvjetima djelovanja, ustanova je 1965. g. preregistrirana, te Historijski arhiv postaje Centar za zaštitu kulturne baštine otoka Hvara. Centar je zadužen za obavljanje triju osnovnih djelatnosti: arhivske, muzejske i konzervatorske.

Prilikom utemeljenja muzejskih zbirki na otoku Hvaru, koje su danas u sastavu te ustanove, primijenjeno je načelo da se zbirke osnivaju gdje god prilike dopuste. U suradnji s lokalnim čimbenicima, osnovano je osam stalnih zbirki:
  • Arheološka zbirka i lapidarij dr. Grge Novaka u Hvaru
  • Galerija moderne umjetnosti Arsenal u Hvaru
  • Prirodoslovni kabinet "Dr. Grgur Bučić" u Hvaru
  • Etnografska zbirka u Tvrdalju, u Starom Gradu (predana Centru za kulturu Stari Grad)
  • Galerija Plančić u Starom Gradu (predana Centru za kulturu Stari Grad)
  • Kapetanska soba u Starom Gradu (predana Centru za kulturu Stari Grad)
  • Ribarski muzej u Vrboskoj (predan Općini Jelsa)
  • Vinogradarska zbirka u Pitvama, Spomen-soba NOB-a u Pitvama.


Odnedavno su utemeljeni Salon Hanibala Lucića u ljetnikovcu Hanibala Lucića i Hvarsko povijesno kazalište kao nove zbirke. Kako u vrijeme osnutka Historijskog arhiva nije postojalo zakonsko, pa ni teoretsko odnosno praktično razgraničenje među institucijama za zaštitu spomenika te arhivsku, bibliotečnu i muzejsku djelatnost, ustanova je u vrijeme osnivanja mogla dobiti legalnost registrirajući sve te djelatnosti, pozivajući se na realnu potrebu zaštite kulturnih i prirodnih dobara otoka Hvara. Međutim, unatoč vrlo konkretnim postignućima na svim kulturnim područjima, osobito u zaštiti kulturnih spomenika i lokaliteta te prikupljanju i stvaranju dokumentacije, tijekom vremena došla je u pitanje legalnost ustanove s obzirom na zakone kojima su regulirane kulturne djelatnosti i zaštita spomenika, a s kojima ustanova nije mogla uskladiti svoj rad. Kompromis je bio registracija na temelju zakona koji je pokrivao najveći dio aktivnosti Centra, a to je Zakon o muzejima iz 1998. g., koji je nudio uvjete za osnivanje muzeja, odnosno preoblikovanje Centra u Muzej. Stoga je Centar prilikom usklađivanja rada pri Trgovačkom sudu u Splitu, istaknuo muzejsku kao svoju osnovnu djelatnost. Sam status ustanove riješen je 16. travnja 2002. g. upisom Muzeja hvarske baštine kao pravnog sljednika Centra za zaštitu kulturne baštine otoka Hvara u sudski Registar ustanova. Tome je prethodio postupak reorganizacije, koji je trebao osigurati kontinuitet obavljanja triju osnovnih djelatnosti: muzejske, arhivske i konzervatorske, na način da državne uprave osnuju svoje podružnice radi obavljanja arhivske i konzervatorske službe, a Centar bi kao osnovnu djelatnost istaknuo muzejsku, s obzirom na to da je novi Zakon o muzejima predvidio obavljanje bibliotečnih, arhivskih i izdavačkih poslova kao djelatnosti koje se podrazumijevaju pri obavljanju muzejske djelatnosti. Državni arhiv Split podržao je taj prijedlog, te je u Hvaru osnovana podružnica koju vodi nekadašnji arhivist Centra. Podružnica Državnog arhiva Split djeluje u ljetnikovcu Hanibala Lucića, gdje je i sjedište Muzeja i gdje se čuva arhivski fond Historijskog arhiva Hvar. Konzervatorski odjel u Splitu provodi sustav zaštite objekata i prostora koji su zaštićeni a u nekom su upravnom postupku, odnosno postupku po prijavi.

Prijedlog Muzeja upućen Ministarstvu kulture RHda se ovlasti za provođenje inspekcijskog nadzora mogu dati i ustanovama i djelatnicima u kulturi kojima je sjedište na otocima a njihov osnivač i poslodavac nije isključivo država, nije prihvaćen. Muzej hvarske baštine ipak se smatra pozvanim i odgovornim za brigu o naslijeđu na području svoga djelovanja - na otoku Hvaru kao muzeju na otvorenome, na način kako je u piočetku zamišljeno, u očekivanju propisa kojima bi dobio veće ovlasti.